Codo a codo con Bobby Gillespie y compañía, Weatherall ayudó a la banda de Glasgow a dar forma a Screamadelica, un álbum con un código genético diverso y amplio que incluye gospel, electrónica, dub y psicodelia, y de ahí al cosmos. Una década más tarde, el grupo y el productor volvieron a trabajar juntos en el estudio, esta vez para la creación de su séptimo trabajo, Evil Heat. También estuvo detrás de la consola en discos de Beth Orton, Happy Mondays, The Chemical Brothers, Laurent Garnier, The Future Sound of London y Fuck Buttons.
Como DJ, Andrew Weatherall cobró peso por la creación de su sello Boy’s Own Recordings y sus primer proyecto titulado Bocca Juniors. Con el pasar de los años, formó Two Lone Swordmen junto a Keith Tenniswood y también trabajó bajo el alias The Asphodells. A lo largo de su carrera, realizó además diversos remixes para My Bloody Valentine, BJörk, Manic Street Preachers, New Order, Noel Gallagher’s High Flying Birds, James, The Horrors y Jagwar Ma.